در 19 آذر 1363 دومین ترمیم عمده ستاد انقلاب فرهنگی توسط حضرت امام خمینی (ره) انجام گرفت و به این ترتیب شورای عالی انقلاب فرهنگی با ترکیبی جدید متشکل از سران سه قوه و جمعی از چهره‏های فرهنگی و علمی کشور تشکیل شد.